Dopo l'8 settembre 1943, l'Italia e' divisa in due. Infatti nel settembre del 1943 gli Alleati sono sbarcati in Sicilia risalendo dapprima l'Isola per poi sbarcare nell'Italia Meridionale. Nel Nord d'Italia vi e' l'occupazione nazi-fascista. Per quanto riguarda le attivita' agonistiche ed il calcio in particolare, dal 1944 si disputano solamente tornei a carattere regionali. Solamente sul finire del 1944 al Nord si organizza un Campionato di calcio, vinto dalla Rappresentativa dei Vigili del Fuoco di La Spezia. Nel Sud dell'Italia si organizza invece il primo Campionato dell'Italia libera ma non vi partecipa nessuna squadra di Taranto. Sul finire del 1944 a Taranto rinascono sia l'Audace Football Club Taranto, colori sociali rosso, che la Societa' Sportiva Pro Italia, colori sociali lo storico bianco-verde, mentre la Societa' Sportiva Pietro Resta, colori sociali rosso e blu' assume la nuova denominazione di Unione Sportiva Arsenale Taranto. Queste squadre saranno ammesse al Campionato di Serie C del Centro Sud d'Italia che inizia il 28 gennaio 1945 e che vede ai nastri di partenza ben 13 squadre: Bari, Arsenale Taranto, Lecce, Acquaviva, Barletta, Altamura, Liberty Bari, Audace Taranto, Brindisi, Gioia del Colle, Grottaglie, Matera e Pro Italia Taranto. La situazione e' talmente critica che ben 6 squadre si ritirano durante il Campionato e fra queste l'Audace Taranto e la Pro Italia Taranto. Il Torneo e' vinto dal Bari, ma le finali interregionali non vengono disputate. Nel 1945 vengono disputati due Campionati: uno al Nord ed uno al Centro-Sud. A quest'ultimo Campionato partecipano le 3 formazioni tarantine. Il Campionato e' vinto dal Lecce con 43 punti in 24 giornate mentre l'Arsenale Taranto si classifica al secondo posto con 40 punti, terzo e' l'Audace Taranto con 32 punti, mentre la Pro Italia Taranto si classifica al 7^ posto con 23 punti. A causa delle ristrettezze economiche l'Audace Taranto e la Pro Italia Taranto decidono di fondersi nuovamente ed il 21 giugno 1946 rinasce l'Associazione Sportiva Taranto. La squadra dell'Arsenale Taranto dimostrando di avere meno problemi economici e con l'aiuto della Marina Militare, riesce a continuare ad esistere, anche perche' ai giocatori oltre che ad uno stipendio per l'attività calcistica viene offerto anche un posto di lavoro nell'Arsenale Militare Marittimo.